Hej Helen,
Om det är Naxos, Amorgos och Kofounissia som ni vill besöka så skulle jag välja att skippa Aten och köpa flygstolar till Santorini. Därifrån är det bara ett par timmar med båt till Naxos. Stanna där några dagar och sedan finns det bra förbindelser till de andra öarna därifrån. Bra val av öar!
//maji